Tuy nhiên, bên cạnh những mặt đạt được còn một số tồn tại hạn chế như, chất lượng tham mưu của từng công chức chưa đồng đều; một số việc triển khai còn chậm so với yêu cầu đề ra; một số văn bản của các phòng tham mưu cho Lãnh đạo vụ chưa được đầu tư tương xứng, vẫn còn lỗi về kỹ thuật; việc triển khai và ứng dụng CNTT vào hoạt động của đơn vị còn chậm, ảnh hưởng đến chất lượng và tiến độ thực hiện nhiệm vụ và trong chỉ đạo điều hành của Vụ.

Qua việc đánh giá ưu điểm, hạn chế trong năm 2016, Vụ Tổ chức Cán bộ nêu một số kiến nghị, đề xuất Ban cán sự Đảng Thanh tra Chính phủ quan tâm, chỉ đạo sâu sát với công tác tổ chức, cán bộ; tiếp tục tập trung chỉ đạo giải quyết dứt điểm đơn thư KN, TC nội bộ phức tạp,kéo dài; các cục, vụ, đơn vị tăng cường phối hợp với Vụ Tổ chức Cán bộ trong thực hiện công tác tổ chức, cán bộ nhất là đảm bảo phối hợp thực hiện Nghị quyết của Ban Cán sự đảng và chỉ đạo của Tổng Thanh tra Chính phủ.

Phát biểu chỉ đạo tại hội nghị, Tổng Thanh tra Chính phủ nhấn mạnh, công tác tổ chức cán bộ là công tác quan trọng đóng vai trò quyết định đến chất lượng việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ của một đơn vị, tổ chức; người đứng đầu của tổ chức như thế nào thì sẽ xây dựng mô hình kiểu mẫu tổ chức như thế chính vì vậy làm công tác tổ chức thì người cán bộ phải gương mẫu, trong sạch, công tâm, khách quan. Trong năm qua, Tổng Thanh tra biểu dương những thành tích mà Vụ đã làm được, hoàn thành tốt nhiêm vụ trên các mặt công tác. Bên cạnh đó, Tổng Thanh tra Chính phủ còn chỉ ra một số tổn tại  của Vụ nói riêng và của cơ quan nói chung là đội ngũ cán bộ chưa đáp ứng được yêu cầu, gây khó khăn trong việc chuyển đổi vị trí công tác đòi hỏi chuyên môn cao; một số vấn đề liên quan đến công tác cán bộ chưa xử lý dứt điểm gây dư luận kéo dài; việc kiện toàn lãnh đạo các phòng cần được triển khai sớm. Về phương hướng, Tổng Thanh tra Chính phủ yêu cầu, Vụ Tổ chức Cán bộ cần quan tâm triển khai NQ TƯ 4 khóa XII; giải quyết các vụ việc kéo dài; có kế hoạch nâng cao năng lực đội ngũ cán bộ công chức; đổi mới công tác quy hoạch, tuyển dụng, chuyển đổi vị trí công tác, đánh giá cán bộ và tiếp tục triển khai thực hiện tinh giảm biên chế./.