​Trong chỉ đạo, điều hành về công tác thanh tra, Vụ luôn bám sát Nghị quyết số 1820-NQ/BCS 15/12/2011 của Ban Cán sự Đảng Thanh tra Chính phủ, Chỉ thị 345/CT-TTCP ngày 23/02/2012 của Tổng Thanh tra Chính phủ, các ý kiến chỉ đạo của Lãnh đạo Thanh tra Chính phủ. Sau khi chương trình, kế hoạch công tác của Vụ được Tổng Thanh tra phê duyệt, tuy gặp một số khó khăn, vướng mắc, song Vụ đã triển khai nhiệm vụ đảm bảo theo chương trình, kế hoạch được duyệt; tiến độ thực hiện công việc bước đầu đảm bảo theo kế hoạch. Cụ thể : Vụ III được giao 05 cuộc thanh tra (trong đó có 01 cuộc hướng dẫn, tổng hợp thanh tra theo chuyên đề diện rộng) và 01 cuộc  thanh tra dự phòng. Đến nay, Vụ đã triển khai 02/05 cuộc thanh tra theo chương trình kế hoạch năm 2012 (thành lập 02 Đoàn thanh tra và 01 Tổ công tác giúp Tổng Thanh tra Chính phủ trong việc hướng dẫn, đôn đốc, kiểm tra đối với cuộc thanh tra chuyên đề diện rộng), hiện có 01 cuộc thanh tra đã kết thúc thanh tra trực tiếp tại đơn vị và 01 cuộc đang trong giai đoạn thanh tra trực tiếp tại các đơn vị có liên quan. 03 cuộc thanh tra còn lại, 02 cuộc sẽ được triển khai trong quý III và quý IV/2012 và 01 cuộc thanh tra đang tiến hành thủ tục giao lại cho Thanh tra thành phố Hà Nội thực hiện theo thẩm quyền. Các Đoàn thanh tra đến nay đều thực hiện nghiêm túc theo nội dung thanh tra, đảm bảo thời gian thanh tra theo Kế hoạch được duyệt, Trưởng đoàn và các thành viên Đoàn thanh tra chấp hành tốt các quy định của pháp luật về công tác thanh tra, Quy chế hoạt động của Đoàn thanh tra…;