Với kế hoạch năm 2016, Vụ đã kết thúc 03 cuộc thanh tra và chuyển 01 cuộc sang năm 2017. Ngoài ra, Vụ cũng cử cán bộ tham gia tổ công tác của Vụ Giám sát, thẩm định và xử lý sau thanh tra để đánh giá kết quả xử lý sau thanh tra tại một số đơn vị. Qua thanh tra đã phát hiện nhiều sai phạm trong quản lý thuế, quản lý vốn nhà nước, kiến nghị bổ sung, sửa đổi về cơ chế, chính sách, kiến nghị truy thu hàng nghìn tỷ đồng tiền thuế..

Với chức năng theo dõi, quản lý với một số bộ, ngành, Vụ đã chú trọng việc theo dõi, đôn đốc yêu cầu các bộ, ngành gửi báo cáo kết luận thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo theo quy định; tích cực tham gia công tác xây dựng thể chế, xây dựng các báo cáo định kỳ, đột xuất theo yêu cầu của lãnh đạo TTCP.

Trên cơ sở thành tích đã đạt được, năm 2017, Vụ II tiếp tục đổi mới phương pháp chỉ đạo điều hành, chủ động triển khai thực hiện kế hoạch được giao; tiếp tục bám sát sự chỉ đạo của Tổng TTCP và Phó Tổng TTCP phụ trách Vụ trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, tranh thủ sự quan tâm, tạo điều kiện của các ngành, các cấp nhằm triển khai và thực hiện đồng bộ, hiệu quả công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo, phòng chống tham nhũng, nâng cao chất lượng công tác quản lý Nhà nước đối với ngành và lĩnh vực được phân công.

Tại hội nghị, nhiều công chức của Vụ II đã đóng góp ý vào dự thảo báo cáo kết quả công tác năm 2016, cũng như bổ sung các giải pháp cho phương hướng hoạt động của Vụ trong năm 2017. Thay mặt Lãnh đạo TTCP, Phó Tổng Thanh tra Chính phủ Ngô Văn Khánh ghi nhận những thành tích nổi bật mà tập thể công chức Vụ II đã thực hiện trong năm 2016, yêu cầu trong năm 2017, Vụ II cần bám sát các kế hoạch được lãnh đạo TTCP phê duyệt, làm tốt chức năng quản lý nhà nước về thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng đối với các bộ, ngành được phân công phụ trách; từng cá nhân cần tích cực, chủ động trau dồi nghiệp vụ, đáp ứng tốt hơn nữa nhiệm vụ được giao, trong đó có cả sự phối kết hợp chặt chẽ giữa Vụ II với các cục, vụ trong các cuộc thanh tra do Lãnh đạo TTCP giao.

Trên cơ sở kết quả công tác cũng như những tồn tại, hạn chế đã được chỉ ra qua báo cáo tổng kết năm 2016, tập thể công chức Vụ II đã đóng góp ý kiến cho tập thể và từng cá nhân với tinh thần xây dựng; tiến hành bình bầu các danh hiệu thi đua năm 2016 theo đúng quy định của Thanh tra Chính phủ. Tập thể công chức Vụ II quyết tâm phát huy những ưu điểm, khắc phục những tồn tại, hạn chế để xây dựng đơn vị đoàn kết, vững mạnh, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ chính trị năm 2017.