Nguyên nhân dẫn đến tình trạng chậm được ngành thanh tra nêu là trách nhiệm thực hiện nhiệm vụ của một số đơn vị chưa cao. Mặt khác, thực tế có một số nhiệm vụ giao có thời hạn ngắn, lại chưa lường hết mức độ phức tạp nên hiệu quả giải quyết chưa cao; một số vụ việc cần có sự phối hợp của nhiều cơ quan đơn vị nên chưa chủ động được thời gian, tiến độ, báo cáo giải quyết. Bên cạnh đó, phần lớn các vụ việc chậm giải quyết là do tính chất phức tạp, đã giải quyết ở nhiều cấp nhưng còn ý kiến trái chiều, mất nhiều thời gian khó giải quyết.

Tại buổi làm việc, Tổng Thanh tra Chính phủ Phan Văn Sáu khẳng định TTCP đạt được nhiều kết quả trong công việc thực hiện nhiệm vụ được giao, trong thời gian qua TTCP đã có nhiều nỗ lực trong việc thực hiện nhiệm vụ do Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ giao, tuy nhiên do nhiều lý do chủ quan, khách quan không tránh khỏi một số nhiệm vụ còn chậm.

Tuy nhiên, Bộ trưởng, Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ cũng chỉ ra một số hạn chế  trong việc thực hiện nhiệm vụ tại cơ quan TTCP, thủ tục hành chính còn trì trệ, cần đẩy mạnh hơn nữa công tác cải cách thủ tục hành chính; nhiều vụ việc chậm giải quyết so với thời gian được giao Chính phủ và Thủ tướng Chính phủ giao. Nguyên nhân do khách quan và chủ quan, song Bộ trưởng, Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ cho rằng, TTCP cần tìm ra những giải pháp để khắc phục trong thời gian tới. Các bộ, ngành liên quan nhất là Văn phòng Chính phủ cần phối hợp chặt chẽ hơn nữa với Thanh tra Chính phủ để thực hiện tốt các nhiệm vụ được giao. “Cán bộ được cơ quan cử tham dự các cuộc họp lấy ý kiến góp ý, sau khi phát biểu nêu đó là quan điểm của cá nhân là né tránh trách nhiệm đối với công việc” Bộ trưởng, Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ chỉ rõ.