Trong 6 tháng đầu năm 2012, Thanh tra Bộ KH&CN (Thanh tra Bộ), Thanh tra Tổng cục Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng (Thanh tra Tổng cục); Thanh tra Cục An toàn bức xạ và hạt nhân (Thanh tra Cục) đã tiến hành thanh tra trên các lĩnh vực quản lý nhà nước của Bộ đối với 67 cơ sở. Qua thanh tra đã phát hiện 08 cơ sở có hành vi vi phạm hành chính. Chánh Thanh tra Bộ đã ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính đối với 08 cơ sở bằng hình thức phạt tiền, với tổng số tiền phạt là 81.500.000 đồng, chuyển hồ sơ vi phạm để địa phương xử lý theo thẩm quyền 01 cơ sở với số tiền 5000.000 đồng.