Về thanh tra, kiểm tra chuyên ngành, Thanh tra Bộ đã chủ trì, phối hợp với các Cục, vụ chức năng thanh tra kỳ thi học sinh giỏi Quốc Gia tại Nam Định, Quảng Ninh, Hà Tĩnh, Nghệ An, Bình Dương, Bình Phước. Tham gia giám sát chấm thi học sinh giỏi cấp Quốc gia năm 2012; coi và chấm thi kỳ thi thành lập các đội tuyển Olympic. Phối hợp với Thanh tra Chính phủ thanh tra Đề án kiên cố hóa trường học và nhà công vụ giáo viên. Thanh tra và hoàn thành báo cáo và Kết luận thanh tra hoạt động đào tạo có yếu tố nước ngoài của 7 đơn vị. Hoàn thành Kết luận kiểm tra việc thực hiện cam kết theo đề án thành lập trường.

Trong 6 tháng đầu năm 2012, Thanh tra Bộ đã nhận được 304 đơn thư, trong đó 142 đơn thư không đủ điều kiện xử lý, giải quyết; 162 đơn thư (tăng 2 đơn so với cùng kỳ năm 2011) đủ điều kiện xử lý, giải quyết. 45 đơn khiếu nại (tăng 3 đơn so với cùng kỳ năm 2011), trong đó có 2 đơn thuộc thẩm quyền giải quyết. Về tố cáo, có 65 đơn (tăng 5 đơn so với cùng kỳ năm 2011), trong đó có 4 đơn thuộc thẩm quyền giải quyết. Các loại đơn khác có 52 đơn (giảm 6 đơn so với cùng kỳ năm 2011), trong đó không có đơn nào thuộc thẩm quyền giải quyết.