Một trong những vấn đề khiến nhiều đại biểu băn khoăn chính là tính thực tiễn của Nghị định.Một vấn đề khác cũng thu hút được sự thảo luận sôi nổi của các đại biểu là giá trị của văn bản giải trình được nêu tại Điều 17 của dự thảo Nghị định. Theo dự thảo thì “Kết quả giải trình chỉ nhằm cung cấp thông tin, làm rõ nội dung và xác định trách nhiệm của các bên liên quan đến sự việc, không làm căn cứ cho việc thực hiện các quyền yêu cầu khác của tổ chức cá nhân”. Các đại biểu cho rằng cần phải khẳng định và nâng cao giá trị pháp lý của văn bản giải trình và giải thích rõ “các quyền yêu cầu khác” là những quyền gì, chẳng hạn có liên quan đến quyền khiếu nại và tố cáo hay không? Có đại biểu cho rằng việc giải trình là một hành vi hành chính, do đó nó là đối tượng của Luật Khiếu nại. Vị đại biểu này đặt câu hỏi:  “Vậy văn bản kết quả giải trình có phải là đối tượng của Luật Khiếu nại không? Và người dân có quyền khiếu nại về văn bản này không?” 

Một số vấn đề khác cũng được các đại biểu nêu ra như đối tượng phải áp dụng nên cân nhắc lại doanh nghiệp nhà nước và Hội đồng nhân dân các cấp; cần làm rõ “ảnh hưởng xấu” được nêu tại Khoản 2 Điều 5 bằng các tiêu chí cụ thể; nên có quy định về việc công khai kết quả giải trình… 

Kết thúc thảo luận, các đại biểu thống nhất cho rằng Nghị định này là một bước quan trọng trong việc thực hiện việc công khai minh bạch của cán bộ, công chức, qua đó làm giảm việc khiếu nại và tố cáo của người dân cũng như cải thiện được mối quan hệ giữa người dân với các cơ quan công quyền Nhà nước. Kết luận Hội nghị, TS Đặng Quốc Hiệp cho biết sẽ tiếp thu nghiêm túc các góp ý của các đại biểu để hoàn thiện dự thảo Nghị định và sẽ trình lên Thủ tướng Chính phủ trong tháng 7 tới..