Theo báo cáo, 6 tháng đầu năm 2016, Vụ đã cơ bản hoàn thành tốt các nhiệm vụ được giao trên tất cả các lĩnh vực công tác như: Giám sát hoạt động Đoàn thanh tra; thẩm định dự thảo kết luận thanh tra; đôn đốc, xử lý sau thanh tra; quản lý nhà nước về giám sát, thẩm định và xử lý sau thanh tra. Cụ thể, đã thực hiện giám sát 27 đoàn thanh tra do các cục, vụ thuộc TTCP thực hiện; thẩm định 09 dự thảo kết luận thanh tra; tham mưu trình Lãnh đạo TTCP ký ban hành nhiều văn bản đôn đốc các cơ quan, đơn vị có liên quan báo báo việc thực hiện kết luận thanh tra và ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ với 13 kết luận thanh tra, thành lập Tổ kiểm tra việc xử lý sau thanh với 7 kết luận thanh tra.

Về công tác Đảng, chi bộ Vụ đã làm tốt công tác giáo dục chính trị tư tưởng, công tác lãnh đạo, chỉ đạo hoạt động chuyên môn, công tác xây dựng Đảng, tổ chức sinh hoạt chi bộ theo các chuyên đề gắn liền với hoạt động chuyên môn của đơn vị… 

Bên cạnh những thuận lợi trong quá trình thực hiện nhiệm vụ được giao Vụ vẫn còn gặp một số khó khăn như: công tác giám sát đoàn thanh tra không thực hiện được thường xuyên, liên tục do thiếu cán bộ, thời gian giám sát ngắn, địa bàn rộng khắp cả nước; công tác thẩm định một số dự thảo kết luận thanh tra có nội dung phức tạp, liên quan tới nhiều bộ, ngành, nhiều lĩnh vực, có tính chất đặc thù chuyên ngành kỹ thuật chuyên sâu, phải thẩm định nhiều lần, thời gian thẩm định ngắn; một số đoàn thanh tra chưa xây dựng hoàn chỉnh dự thảo kết luận đã gửi thẩm định hoặc gửi hồ sơ thẩm định không đầy đủ; công tác quản lý nhà nước về công tác đôn đốc, kiểm tra việc xử lý sau thanh tra đối với tất cả các bộ, ngành, địa phương chưa nhiều; một bộ, ngành, địa phương chưa thực sự quan tâm đến công tác xử lý sau thanh tra.