Nội dung công tác thanh tra, kiểm tra tập trung vào việc quản lý, điều hành ngân sách địa phương, quản lý vốn đầu tư xây dựng cơ bản, quản lý tài chính tại các đơn vị hành chính sự nghiệp, doanh nghiệp, giá cả; việc chấp hành pháp luật về thuế; các thủ tục niêm yết, chào bán chứng khoán cũng như việc chấp hành quy trình, nghiệp vụ của các đơn vị trong nội bộ ngành… Thanh tra Bộ Tài chính tập trung thanh tra, kiểm tra những vấn đề mang tính thời sự được dư luận và xã hội quan tâm, liên quan đến công tác quản lý điều hành của Bộ Tài chính như: công tác quản lý hải quan đối với hàng hoá tạm nhập- tái xuất; công tác quản lý tài chính và các yếu tố hình thành giá bán điện tại các doanh nghiệp sản xuất điện ngoài EVN; công tác quản lý tài chính và các yếu tố hình thành giá bán xăng dầu tại các doanh nghiệp kinh doanh xăng dầu đầu mối; việc thu, quản lý và sử dụng phí, lệ phí hàng hải; việc quản lý và sử dụng nguồn vốn vay bảo lãnh của Chính phủ…Hiện nay, các cuộc thanh tra đã kết thúc, đang tổng hợp báo cáo.

Nhìn chung, trong 6 tháng đầu năm 2012, công tác thanh tra, kiểm tra đã bám sát chỉ đạo của Chính phủ, của Bộ, ngành, đặc biệt là việc thực hiện Nghị quyết số 01, và Nghị quyết số 13/ NQ-CP của Chính phủ về một số giải pháp tháo gỡ khó khăn cho sản xuất kinh doanh, hỗ trợ thị trường. Công tác chỉ đạo, điều hành hoạt động thanh tra, kiểm tra đã chủ động, linh hoạt, bám sát yêu cầu nhiệm vụ, phục vụ kịp thời cho công tác quản lý điều hành của Bộ, của Chính phủ; Chất lượng các cuộc thanh tra, kiểm tra ngày càng nâng cao. Công tác thanh tra được chú trọng cả thanh tra hành chính và thanh tra chuyên ngành nhằm mục tiêu vừa phục vụ yêu cầu quản lý của ngành, vừa góp phần uốn nắn, chấn chỉnh, phát hiện và xử lý nghiêm những hành vi tham nhũng, tiêu cực.