Ý kiến của lãnh đạo Thanh tra một số bộ, ngành đều nhất trí đánh giá hiệu quả của các cuộc giao ban với TTCP và nêu ra một số khó khăn, vướng mắc cũng như kiến nghị một số vấn đề cụ thể, đặc biệt về sự chồng chéo trong hoạt động giữa Thanh tra và Kiểm toán. Qua thống kê sơ bộ, từ năm 2011 đến tháng 7 năm 2015, có 120 cuộc chồng chéo giữa thanh tra với kiểm toán, chồng chéo về đối tượng, nội dung, thời gian thanh tra, kiểm toán. Các đại biểu đã cùng nhau phân tích một số nguyên nhân cũng như giải pháp để khắc phục tình trạng chồng chéo giữa hai cơ quan.

Kết luận Hội nghị, Phó Tổng Thanh tra Ngô Văn Khánh đánh giá cao các ý kiến góp ý của các đại biểu, nhất là các giải pháp nhằm hạn chế tình trạng chồng chéo trong hoạt động thanh tra giữa TTCP với thanh tra các bộ, ngành và với Kiểm toán Nhà nước và khẳng định những ý kiến này  thể hiện tinh thần trách nhiệm trong công tác thanh tra, giải quyết KN,TC và PCTN của các bộ, ngành Trung ương. Về công tác xây dựng kế hoạch thanh tra năm 2016, Phó Tổng Thanh tra Chính phủ yêu cầu Thanh tra các bộ, ngành,  trên cơ sở văn bản hướng dẫn việc xây dựng định hướng kế hoạch thanh tra năm 2016 của TTCP  đối với từng bộ, ngành kể cả thanh tra hành chính và thanh tra chuyên ngành, các bộ, ngành cần rà soát kỹ và tăng cường phối hợp giữa các cơ quan thanh tra, giữa cơ quan thanh tra với các cơ quan kiểm toán, kiểm tra, công an và cơ quan nhà nước khác để xử lý chồng chéo trong hoạt động thanh tra, kiểm tra và điều​ tra.