Bên cạnh những thành tích đã đạt được, Ban chi ủy chi bộ Vụ III cũng chỉ ra những tồn tại, hạn chế trong nhiệm kỳ qua như việc khắc phục những khuyết điểm sau kiểm điểm theo Nghị quyết Trung  ương 4 có những nội dung kết quả thực hiện còn có mặt hạn chế; việc chấp hành một số quy định của cơ quan, của đơn vị vẫn chưa triệt để; công tác giáo dục chính trị tư tưởng chưa có giải pháp cụ thể để đạt được hiệu quả cao; Việc triển khai, quán triệt, tổ chức thực hiện một số Nghị quyết, Chỉ thị của cấp trên có nội dung chưa kịp thời, chưa quan tâm đầy đủ đến việc kiểm tra nên có việc còn chưa thực sự đạt yêu cầu; quan hệ phối hợp với tập thể lãnh đạo Vụ trong công tác quản lý nhà nước đối với các Bộ, ngành hiệu quả chưa cao; việc đưa ra giải pháp khắc phục những khó khăn, vướng mắc khi thực hiện nhiệm vụ chính trị còn hạn chế; tại một số buổi sinh hoạt Chi bộ công tác tự phê bình và phê bình trong sinh hoạt đảng còn hạn chế, còn hiện tượng nể nang, né tránh; có tháng, thời gian sinh hoạt chưa đảm bảo đúng quy định của cấp trên.