Về thanh tra, kiểm tra chuyên ngành, thanh tra chuyên ngành đã tổ chức kiểm tra theo chức năng nhiệm vụ 412 cuộc, với 2037 cá nhân, đơn vị được thanh, kiểm tra, phát hiện 901 cá nhân, đơn vị vi phạm. Ban hành 866 quyết định xử phạt vi phạm hành chính, với số tiền 2,3 tỷ đồng nộp vào kho bạc Nhà nước, truy thu thuế tổng số tiền 15,6 tỷ đồng và đang xử lý tan vật tịch thu, phạt bổ sung bằng các hình thức. 

Nội dung thanh tra, kiểm tra tập trung vào các lĩnh vực quản lý nhà nước quan trọng như: đầu tư xây dựng cơ bản, tài chính ngân sách, đất đai, chính sách xã hội, tài nguyên khoáng sản, việc thực hiện các quy định, quy chế về quản lý nhà nước chuyên ngành; thanh tra chuyên đề diện rộng việc thực hiện Đề án kiên cố hóa trường, lớp học và nhà công vụ cho giáo viên theo chỉ đạo của Thanh tra Chính phủ.

Riêng cơ quan Thanh tra Thành phố 6 tháng đầu năm 2012, đã thực hiện 30 cuộc thanh tra, kết luận 20 cuộc. Nội dung thanh tra tập trung vào việc thực hiện chính sách pháp luật về quản lý sử dụng đất đai, thực hiện việc thu hồi đất, công tác bồi thường, hỗ trợ GPMB; việc thực hiện quy hoạch sử dụng đất, việc thực hiện nghĩa vụ tài chính, nghĩa vụ thuế với NSNN  trong quá trình thực hiện dự án, việc đầu tư XDCB của chủ đầu tư theo qui định của pháp luật... Qua thanh tra phát hiện sai phạm 93,6 tỷ đồng;  kiến nghị thu hồi nộp ngân sách nhà nước 87,1 tỷ đồng, kiến nghị khác: 6,5 tỷ đồng. Các đơn vị vi phạm đã nộp vào tài khoản tạm giữ của cơ quan 10 tỷ đồng.

Công tác kiểm tra, rà soát các kết luận, kiến nghị, quyết định xử lý về thanh tra được UBND các cấp quan tâm, có văn bản chỉ đạo thực hiện kết luận của các cơ quan thanh tra theo quy định. Thanh tra Thành phố tăng cường thực hiện công quản lý nhà nước, thường xuyên đôn đốc việc thực hiện các kết luận của cơ quan Thanh tra Thành phố, đồng thời theo dõi việc thực hiện các kết luận, kiến nghị, quyết định sau thanh tra của các sở, ngành, quận, huyện, thị xã. Qua rà soát 54 kết luận, các cơ quan thanh tra đã đôn đốc các đơn vị vi phạm nộp ngân sách nhà nước số tiền 16,533 tỷ đồng, xử lý kịp thời các vi phạm hành chính.