​Việc xây dựng quy hoạch, kế hoạch SDĐ còn chậm, không đáp ứng mục tiêu và yêu cầu mà Chính phủ và Tổng cục Địa chính đã chỉ đạo tại Văn bản 1814/CV-TCĐC ngày 12/10/1998. Công tác quản lý quy hoạch SDĐ còn lỏng lẻo, có địa phương không theo dõi và đánh giá được kết quả thực hiện quy hoạch do mới thành lập như ở huyện Thuận Nam. Việc quy hoạch và xây dựng các khu, cụm công nghiệp trên địa bàn tỉnh không hiệu quả, lãng phí đất đai và ngân sách Nhà nước, như: Khu công nghiệp (KCN) Phước Nam (huyện Thuận Nam) diện tích 370ha; KCN Du Long (huyện Thuận Bắc) diện tích 407,28ha. 

Hiện nay, chưa có doanh nghiệp nào đăng ký dự án (D.A); các KCN chưa phủ kín được D.A, đất trống còn nhiều. Tình trạng không thực hiện hoặc chỉ xây dựng một phần D.A được duyệt; không thực hiện đúng ngành nghề đăng ký, miễn giảm và áp dụng chính sách ưu đãi đầu tư không đúng quy định của Nhà nước nhưng chưa có biện pháp xử lý, còn diễn ra tại: D.A Nhà máy Bia Sài Gòn tại KCN Thành Hải, D.A sản xuất rượu vang nho của Cty Vang Thăng Long, D.A sản xuất đá ốp lát của Cty Cổ phần Địa chất khoáng sản Việt Nam tại KCN Thành Hải. 

Việc quản lý SDĐ đô thị tại TP Phan Rang - Tháp Chàm buông lỏng dẫn đến lấn chiếm đất công, tự ý chuyển đổi mục đích SDĐ; xây dựng nhà trái phép trên đất công, đất nông nghiệp. 

Sở Tài nguyên & Môi trường, Cục Thuế không phối hợp để quản lý việc thực hiện một số hợp đồng thuê đất của các doanh nghiệp, việc thực hiện nghĩa vụ đối với Nhà nước. Tổng số tiền thuê đất và các nghĩa vụ tài chính mà các nhà đầu tư chưa nộp ngân sách tính đến thời điểm thanh tra là 3,027 tỷ đồng. 

Bên cạnh đó, một số D.A riêng lẻ nằm ngoài các khu, cụm công nghiệp không triển khai được do công tác giải phóng mặt bằng không dứt điểm: D.A Khu liên hợp thép Cà Ná; D.A Bến xe ô tô tỉnh; Khu đô thị Đông Bắc TP Phan Rang - Tháp Chàm (khu K1); giao đất khi doanh nghiệp chưa được thành lập như Doanh nghiệp chế biến thủy sản Bế Hậu - Cà Ná; việc miễn tiền thuê đất 13 năm ở KCN muối Quán Thẻ là không đúng theo quy định tại Nghị định 142/2005/NĐ-CP, tình trạng nhiễm mặn từ D.A muối Quán Thẻ ảnh hưởng trực tiếp đến đời sống các hộ dân xung quanh đến nay vẫn chưa có biện pháp xử lý. 

Việc quản lý, quy hoạch SDĐ tại các D.A ở khu quy hoạch bãi biển Bình Sơn - Ninh Chữ còn sai phạm như: Giao đất vượt thẩm quyền, “lách luật” khi thực hiện giao đất, cho thuê đất; không ký lại hợp đồng thuê đất khi có sự thay đổi đơn giá theo quy định; chậm thực hiện D.A, không tuân thủ chứng nhận đầu tư, quyết định giao đất, thậm chí không phê duyệt D.A đầu tư, dẫn đến việc SDĐ không đúng mục đích, không đúng quy hoạch như Khu du lịch Hoàn Cầu, Khu du lịch Đen Giòn, Công viên biển Bình Sơn. 

Đối với quy hoạch xây dựng, kết luận thanh tra cũng chỉ ra những yếu kém như: Chậm, thiếu đồng bộ và chồng chéo. Công tác quản lý xây dựng, quản lý đất nông nghiệp, đất công ích ở TP Phan Rang - Tháp Chàm còn yếu kém dẫn đến tình trạng xây nhà không phép trên đất nông nghiệp, tự ý chuyển nhượng đất nông nghiệp, SDĐ sai mục đích… Bên cạnh đó, nguồn vốn để thực hiện các D.A không kịp thời, dẫn đến quy hoạch kéo dài. Ngoài ra, công tác thẩm tra năng lực tài chính của các D.A đầu tư chưa chặt chẽ, dẫn đến việc chậm triển khai, đầu tư cầm chừng, đối phó… 

TTCP đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giao Chủ tịch UBND tỉnh Ninh Thuận tiến hành rà soát, phân loại đối với những D.A được giao đất, thuê đất nhưng đã quá thời gian quy định mà chưa sử dụng hoặc sử dụng không hiệu quả; rà soát những D.A đã được giao đất nhưng chưa ký hợp đồng thuê đất để thu tiền thuê đất vào ngân sách; chỉ đạo ban quản lý các KCN rà soát, truy thu số tiền thuê đất đã miễn giảm không đúng chính sách của một số doanh nghiệp, đồng thời kiểm điểm làm rõ sai phạm của tổ chức và cá nhân liên quan; kiểm tra, rà soát một số D.A chậm triển khai, xem xét thu hồi giấy chứng nhận đầu tư, quyết định giao đất để giao cho các tổ chức khác SDĐ có hiệu quả hơn... 

Đối với D.A muối Quán Thẻ, cần rà soát việc thực hiện D.A của chủ đầu tư, đối chiếu với nội dung giấy chứng nhận đầu tư để truy thu số tiền thuê đất đã được miễn nhưng chủ đầu tư không thực hiện các thủ tục theo quy định, đền bù thiệt hại cho nhân dân và có biện pháp xử lý ô nhiễm…

TTCP cũng kiến nghị Thủ tướng giao Bộ Tài nguyên & Môi trường nghiên cứu sửa đổi và hướng dẫn cụ thể đối với việc giao UBND tỉnh xác định giá chuyển nhượng quyền SDĐ sát với giá thị trường quy định tại Nghị định số 69/2009/NĐ-CP; giao Bộ Tài chính phối hợp với Bộ Tài nguyên & Môi trường, Bộ Kế hoạch & Đầu tư nghiên cứu giá thuê đối với các D.A có lợi thế đầu tư, du lịch để có biện pháp thu tiền thuê đất, mặt nước. Đồng thời, Bộ Kế hoạch & Đầu tư cần có hướng dẫn cụ thể, rõ ràng về ưu đãi đầu tư đối với các trường hợp đầu tư trong KCN, cụm công nghiệp. Đối với các D.A ưu đãi đầu tư đã cấp nhưng doanh nghiệp chậm tiến độ thực hiện, vi phạm về đầu tư cần hướng dẫn cụ thể để cấp tỉnh xem xét, xử lý.

Vừa qua, Văn phòng Chính phủ đã có Văn bản số 115/VPCP-KNTN về việc xử lý sau thanh tra công tác quản lý, SDĐ tại Ninh Thuận, truyền đạt ý kiến chỉ đạo của Phó Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc. Theo đó, đồng ý với Kết luận số 3265/KL-TTCP ngày 16/12/2011 của TTCP; giao UBND tỉnh Ninh Thuận chỉ đạo thực hiện kết luận, kiến nghị của TTCP, tổ chức kiểm điểm và có hình thức xử lý nghiêm các đơn vị, cá nhân sai phạm; xử lý triệt để về kinh tế. Phó Thủ tướng giao các Bộ: Tài nguyên & Môi trường, Kế hoạch & Đầu tư, Tài chính nghiên cứu các kiến nghị có liên quan của TTCP để có cơ chế, chính sách phù hợp với thực tế.