Theo cáo trạng, chương trình SEMLA triển khai thực hiện tại Phú Yên từ năm 2007-2009. Từ tháng 1-2007 đến 11-2009, lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao trong quá trình thực hiện chương trình SEMLA như: xây dựng hương ước bảo vệ môi trường tại xã An Chấn (huyện Tuy An) và xã Xuân Thọ 2 (thị xã Sông Cầu) và hệ thống quan trắc môi trường tỉnh Phú Yên; khảo sát vùng ngập mặn và những chuyến đi công tác dự các hội nghị, sơ tổng kết chương trình SEMLA tại Hà Nội, Hà Giang… các bị can nói trên đã có hành vi lập khống chứng từ đưa vào thanh toán và chiếm đoạt hơn 432 triệu đồng. Trong đó, với chức vụ là Giám đốc điều hành chương trình SEMLA, ông Nguyễn Kim Phúc đã chiếm đoạt hàng chục triệu đồng sử dụng cá nhân, đã bị cách chức Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Phú Yên và bị khai trừ khỏi Đảng vào năm 2010.