Kết quả kiểm tra cho thấy, sau khi có Thông tư 01/2013/TT-TTCP của Thanh tra Chính phủ quy định về hoạt động theo dõi, đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện kết luận, kiến nghị, quyết định việc xử lý về thanh tra có hiệu lực, Thanh tra Bộ đã ban hành văn bản triển toàn ngành và lồng ghép phổ biến, quán triệt việc thực hiện Thông tư tại các hội nghị giao ban, sơ kết và tổng kết của toàn ngành. Thanh tra Bộ cũng đã giao cho các Trưởng đoàn thanh tra đưa vào kết luận thanh tra quy định rõ trách nhiệm cụ thể cho tổ chức, cá nhân thực hiện kiến nghị trong kết luận thanh tra và ghi rõ thời gian phải báo cáo về kết quả thực hiện các kiến nghị; mở sổ theo dõi việc thực hiện các kiến nghị trong các kết luận thanh tra đã ban hành… Căn cứ vào các kiến nghị tại các kết luận thanh tra và thời gian phải báo cáo, Thanh tra Bộ đã tiến hành theo dõi, kiểm tra, đôn đốc thực hiện việc xử lý sau thanh tra bằng nhiều hình thức như: gọi điện thoại, gửi công văn đôn đốc hoặc Trưởng đoàn thanh tra và lãnh đạo Thanh tra Bộ trực tiếp đến đơn vị để trao đổi, đôn đốc việc thực hiện các kiến nghị tại các kết luận thanh tra.
Kết quả kiểm tra cụ thể cho thấy, từ tháng 5/2013 đến hết tháng 8/2014, Bộ Y tế đã ban hành 33 quyết định thanh tra và đã có 23 kết luận thanh tra được ban hành, còn 10 đoàn đang trong quá trình thanh tra. Tổng số tiền sai phạm phải thu hồi trong 23 kết luận thanh tra là hơn 879 triệu đồng, đến nay đã thu được hơn 692 triệu đồng; tổng số các kiến nghị là 197, đã thực hiện xong 93 còn 104 kiến nghị đang thực hiện.
Thứ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Viết Tiền phát biểu Phát biểu tại buổi làm việc, Thứ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Viết Tiến đánh gía cao kết quả và tác dụng của công tác kiểm tra xử lý sau thanh tra của Thanh tra Chính phủ đối với Bộ Y tế và yêu cầu Thanh tra Bộ phát huy những ưu điểm, khắc phục những tồn tại, hạn chế mà Tổ kiểm tra của Thanh tra Chính phủ đã chỉ ra cũng như nghiêm túc triển khai thực hiện Thông tư 01 của Thanh tra Chính phủ. Theo Thứ trưởng, Thanh tra bộ đã triển khai thực hiện thông tư 01 của Thanh tra Chính phủ đạt được một số kết quả bước đầu, qua đó đã có những đề xuất, kiến nghị với lãnh đạo Bộ, với Thanh tra Chính phủ tháo gỡ những khó khăn, vướng mắc như: cơ chế, chính sách; biên chế; tổ chức…
Phó Tổng Thanh tra Chính phủ Ngô Văn Khánh phát biểu kết luận Phát biểu kết luận, Phó Tổng Thanh tra Chính phủ Ngô Văn Khánh nhấn mạnh, vấn đề xử lý sau thanh tra được quan tâm đặc biệt trên các diễn đàn, nhất là trên diễn đàn của Quốc hội; hoạt động thanh tra với tư cách là công cụ quản lý nhà nước nên càng phải quan tâm triển khai công tác xử lý sau thanh tra; Thanh tra Chính phủ đã ban hành Kế hoạch tiến hành kiểm tra diện rộng việc thực hiện xử lý sau thanh tra tại 3 Bộ và 8 tỉnh, thành phố. Phó Tổng Thanh tra Chính phủ đề nghị Thanh tra Bộ, qua kết quả kiểm tra cần đánh giá lại chất lượng hiệu quả của các cuộc thanh tra đã làm từ đó rút kinh nghiệm nhằm nâng cao chất lượng, hiệu quả của hoạt động thanh tra
Khẳng định sự đóng góp xây dựng ngành Thanh tra của thanh tra bộ Y tế, Phó tổng Thanh tra Chính phủ Ngô Văn Khánh mong Thanh tra Bộ tiếp tục phát huy và lãnh đạo Bộ Y tế quan tâm tạo điều kiện cho Thanh tra bộ nhiều hơn nữa.