Thực hiện chủ trương của Đảng và Nhà nước kịp thời chuyển hướng về tổ chức, điều chỉnh lực lượng cán bộ cho phù hợp với việc chuyển hướng nền kinh tế và tăng cường lực lượng quốc phòng, ngày 11/10/1965, Ủy ban Thường vụ Quốc hội phê chuẩn việc giải thể Ủy ban Thanh tra của Chính phủ. Do đó, trong 4 năm (1965-1968), hệ thống Thanh tra Nhà nước từ Trung ương đến cấp khu, tỉnh, thành phố bị giải thể, chỉ còn các Ban Thanh tra của các Bộ, ngành hoạt động. Các Ban Thanh tra ngành do nhiều nguyên nhân đã không hoạt động đúng chức năng thanh tra mà chỉ dừng lại ở việc xét khiếu tố, và trong công tác này cũng còn nhiều hạn chế.

Cuối năm 1968, cuộc chiến tranh cục bộ ở miền Nam và chiến tranh phá hoại ở miền Bắc mà đế quốc Mỹ tiến hành đã bị quân và dân ta đánh bại. Miền Bắc bước vào giai đoạn tạm thời hòa bình, bắt tay khôi phục và phát triển kinh tế, văn hóa, tăng cường chi viện cho miền Nam trực tiếp chống Mỹ, ngụy. Trước nhiệm vụ mới của đất nước và trước yêu cầu cần thiết của công tác thanh tra, xét khiếu tố, ngày 11/08/1969, Ủy ban Thanh tra của Chính phủ đã được thành lập theo Nghị quyết số 780/NQ-TVQH của Quốc hội nước Việt Nam dân chủ cộng hòa. Cùng với sự quan tâm lãnh đạo, chỉ đạo của Đảng và Nhà nước, Ủy ban Thanh tra của Chính phủ đã từng bước tăng cường, ổn định tổ chức. Các cán bộ lãnh đạo của Ủy ban Thanh tra của Chính phủ lần lượt được bổ nhiệm. Đồng chí Nguyễn Thanh Bình được cử giữ chức Chủ nhiệm Ủy ban, đồng chí Trần Mạnh Quỳ và đồng chí Nguyễn Thừa Kế được bổ nhiệm làm Phó Chủ nhiệm Ủy ban Thanh tra của Chính phủ. Các vụ và các đoàn thanh tra cũng được thành lập và bổ sung thêm cán bộ để bắt tay vào thực hiện nhiệm vụ thanh tra do Đảng và Nhà nước giao phó.

Với phương châm xây dựng, ổn định tổ chức và tiến hành thanh tra, trong 3 năm (1970-1972), mặc dù cán bộ còn ít nhưng các tổ chức Thanh tra từ Trung ương đến các địa phương đã tổ chức được nhiều cuộc thanh tra trên nhiều mặt và bước đầu thu được những kết quả đáng kể. Ủy ban Thanh tra Chính phủ đã tiến hành thanh tra tình hình sản xuất tại Nhà máy ximăng Hải Phòng, các mỏ than Đèo Nai, Hà Tu, Cọc 6 thuộc Công ty than Hòn Gai; thanh tra việc quản lý tài sản, bảo quản hàng hóa ở Công ty Hải sản cấp I Hà Nội, vụ sợi phế phẩm ở Nhà máy Dệt 8-3... Sang năm 1971, 15 Ban Thanh tra Bộ, ngành đã tổ chức được 84 cuộc thanh tra, Ủy ban Thanh tra của 18 tỉnh đã trực tiếp tổ chức 98 cuộc thanh tra, chưa kể các cuộc thanh tra của cá đơn vị trực thuộc các Bộ, các tỉnh. Nội dung các cuộc thanh tra chủ yếu tập trung vào thanh tra việc tổ chức thực hiện kế hoạch kinh tế quốc dân và quản lý tài chính ở các xí nghiệp, hợp tác xã. Riêng Ủy ban Thanh tra của Chính phủ đã tổ chức thanh tra việc phổ biến và triển khai Nghị quyết lần thứ 19 về nông nghiệp ở một số tỉnh Hải Hưng, Hà Tây, Thanh Hóa; tham gia thanh tra một số công trình thủy lợi, thanh tra việc chữa cháy, bảo vệ tài sản và giải quyết hậu quả lỹ lụt ở hai tỉnh Hải Hưng và Hà Bắc...Các cuộc thanh tra mà Ủy ban Thanh tra của Chính phủ và các Ban Thanh tra Bộ, ngành thực hiện trong năm 1971 đã giúp cho các đơn vị được thanh tra hiểu rõ và làm theo những nguyên tắc, chế độ đã được quy định, sửa chữa một số thiếu sót, khuyết điểm, ngăn ngừa những việc làm sai trái, nâng cao tinh thần trách nhiệm và ý thức kỷ luật của cán bộ công nhân viên chức, đồng thời giúp lãnh đạo nắm được những thiếu sót, sở hở trong việc chỉ đạo thực hiện các chỉ thị, nghị quyết, các chủ trương công tác của cấp trên.

Sang năm 1972, do điều kiện chiến tranh, công tác xét và giải quyết khiếu tố đã kịp thời chuyển hướng. Nhiều ngành và địa phương đã chú trọng đôn đốc, tăng cường hướng dẫn các đơn vị giải quyết đơn thư tại chỗ. Trong năm này, tổng số 37.862 đơn khiếu tố, Ủy ban Thanh tra của Chính phủ và các cơ quan Thanh tra ngành, địa phương đã giải quyết được 15.404 đơn, đạt 40,7%.

Năm 1973, “Hiệp định về chấm dứt chiến tranh lập lại hòa bình ở Việt Nam” được ký kết tại Pari, miền Bắc trở lại hòa bình và tiếp tục sự nghiệp xây dựng chủ nghĩa xã hội và tăng cường chi viện sức người, sức của cho miền Nam hoàn thành sự nghiệp giải phóng dân tộc, thống nhất đất nước. Trước tình hình đó, nhiệm vụ của ngành Thanh tra là tập trung thanh tra việc tăng cường quản lý kinh tế, việc thực hiện nghị quyết số 228 về chống tiêu cực trong quản lý kinh tế - xã hội, việc thực hiện các chỉ thị, nghị quyết về tổ chức lại sản xuất nông nghiệp, về việc sử dụng hợp lý và tiết kiệm vật tư, về quản lý ruộng đất, về chính sách khuyến khích phát triển vùng kinh tế mới, về việc xóa bỏ thị trường tự do và tăng cường quản lý lương thực... Bên cạnh đó, công tác xét khiếu tố cũng tiếp tục được đẩy mạnh và đem lại kết quả tốt. Nhiều nơi việc giải quyết đơn thư đã đem lại quyền lợi chính trị, kinh tế cho đương sự và thu hồi cho Nhà nước, cho tập thể hàng vạn đồng.

Công tác xây dựng tổ chức, chỉ đạo nghiệp vụ cũng luôn được coi là một trong những nhiệm vụ chính của Ủy ban Thanh tra của Chính phủ. Từ sau năm 1973, công tác này được chú ý tăng cường và đẩy mạnh hơn, nhiều Đoàn cán bộ của Ủy ban Thanh tra Chính phủ đã đi thăm và làm việc tại nước ngoài qua đó, thu hoạch được nhiều kinh nghiệm về tổ chức công tác thanh tra, đã đề xuất với Đảng và Chính phủ một số kiến nghị nhằm tăng cường, hoàn thiện và phát huy công tác thanh tra phục vụ công tác lãnh đạo, quản lý của Đảng và Nhà nước.

Đến hết năm  1974, hệ thống các cơ quan thanh tra các cấp về cơ bản đã được xây dựng và ổn định. Tại tất cả 27 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương ở miền Bắc và cơ quan trực thuộc Hội đồng Chính phủ đã có Ban Thanh tra. Một số Ban Thanh tra ở cấp tổng công ty, công ty và các đơn vị quản lý sản xuất kinh doanh trực thuộc ngành Trung ương, Ban Thanh tra các ty, sở, huyện, thị trực thuộc tỉnh, thành và các Ban Thanh tra nhân dân đã được thành lập.

Trong những tháng đầu năm 1975, công tác tổ chức và hoạt động của thanh tra được tăng cường hơn với việc ban hành hai văn bản có tính chất pháp quy về việc tổ chức và hoạt động của Ủy ban Thanh tra của Chính phủ và việc xây dựng đội ngũ cộng tác viên thanh tra các cấp. Ngày 11/01/1975, Ủy ban Thanh tra của Chính phủ ban hành Điều lệ tổ chức và hoạt động của Ủy ban Thanh tra của Chính phủ, bao gồm 4 chương, 14 điều. Việc ban hành Điều lệ tổ chức và hoạt động của Ủy ban Thanh tra của Chính phủ chứng tỏ và khẳng định thanh tra, kiểm tra là một lĩnh vực công tác không thể thiếu được của Hội đồng Chính phủ trong việc tăng cường chức năng quản lý toàn diện, thống nhất trong phạm vi cả nước đối với toàn bộ nền kinh tế quốc dân và mọi hoạt động của đời sống xã hội.. Thời gian này, Ủy ban Thanh tra của Chính phủ đã tiến hành thanh tra công tác quản lý kinh tế tài chính tại Nhà máy xe đạp Thống Nhất, thanh tra việc vi phạm gỗ ở Võ Nhai, thanh tra quản lý và sử dụng vật tư phục vụ xây dựng cơ bản, kiểm tra chiến dịch đắp đê sông Đáy, tình hình quản lý lao động dôi dư tại Hải Phòng...

Ngày 30/04/1975, Sài Gòn được giải phóng và tiếp đó trong tuần đầu tháng 5, toàn miền Nam được hoàn toàn giải phóng. Đất nước ta bước sang một kỷ nguyên mới: kỷ nguyên cả nước độc lập, thống nhất, cùng xây dựng chủ nghĩa xã hội. Cùng với cả nước, ngành Thanh tra bước sang một giai đoạn mới: giai đoạn xây dựng, thiết lập và hoạt động thanh tra trên toàn bộ đất nước thống nhất, phục vụ cho công cuộc xây dựng chủ nghĩa xã hội và bảo vệ Tổ quốc Việt Nam xã hội chủ nghĩa./.