Bên cạnh những kết quả đạt được, còn một số tồn tại, hạn chế đó là, công tác phân tích, trao đổi thông tin về PCTN với các cơ quan, đơn vị liên quan đôi khi còn bị động, chưa kịp thời; việc nắm tình hình tham nhũng còn bị động, thiếu thông tin; công tác xử lý đơn thư tố cáo tham nhũng chưa chuyên sâu, chưa đề xuất được các cuộc thanh tra đột xuất đối với vụ việc có dấu hiệu tham nhũng; công tác tổng kết, rút kinh nghiệm, đánh giá hiệu quả, chất lượng hoạt động thanh tra, kiểm tra chưa thường xuyên; một số công việc chuyên môn triển khai trậm so với kế hoạch.

Cục IV kiến nghị, Ban cán sự Đảng, Lãnh đạo TTCP quan tâm bố trí đủ cán bộ theo biên chế được giao; xem xét kiện toàn đội ngũ lãnh đạo cấp phòng; quan tâm hơn nữa tới công tác thanh tra, kiểm tra trách nhiệm thực hiện Luật PCTN; giao cho Cục nghiên cứu, đề xuất thanh tra theo chuyên đề, diện rộng đối với việc thực hiện Luật PCTN để thúc đẩy việc thực hiện, nhất là sau khi Luật PCTN (sửa đổi) có hiệu lực thi hành.