Theo dự thảo của Đề án, khi hệ thống cơ sở dữ liệu được xây dựng thì đối tượng phải kê khai, kỳ kê khai, loại tài sản kê khai được xác định là loại thông tin động, có thể thay đổi linh hoạt theo yêu cầu của pháp luật hiện hành. Dự thảo cũng đưa ra 3 mô hình dùng để quản lý và khai thác bản kê khai, gồm: Mô hình phân tán dữ liệu; mô hình tập trung dữ liệu; mô hình tổng hợp. Dù mô hình nào được lựa chọn thì Hệ thống cơ sở dữ liệu về kê khai MBTSTN sẽ giải quyết các vấn đề như: Hướng dẫn kê khai; quản lý tuân thủ kê khai; kiểm tra, xác minh nội dung; quản lý truy cập thông tin kê khai; phối hợp giữa các cơ quan chức năng trong việc đảm bảo kê khai; báo cáo tình hình thông tin hệ thống.

Sau khi nghiên cứu nhiều mô hình hệ thống cơ sở dữ liệu về kê khai MBTSTN trên thế giới, Tổ Biên tập Đề án lựa chọn mô hình quản lý hệ thống tổng hợp vừa tập trung vừa phân tán. Theo Dự thảo, Hệ thống sẽ được chia làm 2 cấp quản lý: Dữ liệu Trung ương và dữ liệu địa phương.

Đối với  dữ liệu ở Trung ương sẽ do một cơ quan, có thể là Thanh tra Chính phủ quản lý. Đối tượng phải kê khai sẽ nộp bản kê khai thông qua các bộ phận quản lý cán bộ của các cơ quan thuộc Trung ương, sau khi số hóa, dữ liệu này sẽ được chuyển tới Trung tâm Dữ liệu quốc gia.

Đối với  dữ liệu về MBTSTN cho cán bộ công chức thuộc diện phải kê khai ở cấp tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương sẽ được số hóa và đồng bộ với hệ cơ sở dữ liệu quốc gia định kỳ, thường xuyên và liên tục. Thanh tra tỉnh có trách nhiệm hướng dẫn, đôn đốc các đơn vị quản lý cán bộ cấp dưới và đối tượng kê khai thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ kê khai, công khai, xác minh và xử lý vi phạm.

Như vậy, cơ sở dữ liệu của hệ thống được xử lý tập trung, tuy nhiên các tờ khai của đối tượng phải kê khai được nhận và lưu trữ tại các cơ quan quản lý cán bộ công chức. Trong trường hợp người kê khai thực hiện kê khai điện tử thì phải in ra bản giấy và ký nộp tại địa phương. Các đơn vị thanh tra các cấp có nhiệm vụ nhắc nhở, hỗ trợ người kê khai; người có nghĩa vụ kê khai tài sản thực hiện kê khai trên giấy hoặc trên bản điện tử và gửi thông tin qua mạng tới trung tâm tích hợp dữ liệu của tỉnh hoặc của Thanh tra Chính phủ.