Theo đánh giá của TTCP, tuy là năm đầu tiên thực hiện cơ chế đánh giá, UBND các tỉnh, thành phố đã nghiêm túc triển khai thực hiện chỉ đạo của Thanh tra Chính phủ và đạt được kết quả rất khả quan cho thấy hướng đi là đúng đắn và bước đi là thích hợp. Tuy nhiên, đây là năm đầu tiên thực hiện, bộ chỉ số nhiều, phức tạp có liên quan đến nhiều đơn vị, thời gian thực hiện ngắn nên việc triển khai còn chậm, chưa có sự phối hợp chăt chẽ giữa các đơn vị có liên quan trong việc đánh giá, tự đánh giá và tổng hợp điểm số, tài liệu chứng minh còn chưa đầy đủ và kịp thời..

Phát biểu kết luận hội nghị, ông Phạm Trọng Đạt, Cục trưởng Cục Chống tham nhũng-TTCP đánh giá cao sự nỗ lực, cố gắng của các tỉnh, thành phố trong công tác xây dựng báo cáo đánh giá công tác phòng, chống tham nhũng năm 2016 theo Bộ chỉ số mới và khẳng định, Thanh tra Chính phủ sẽ tiếp tục nghiên cứu, rà soát đánh giá lại hiệu quả của việc thực hiện đánh giá công tác PCTN cấp tỉnh trên toàn quốc để cải tiến lại các tiêu chí, các công thức tính và hướng dẫn chi tiết các địa phương trong việc xây dựng hồ sơ, tài liệu, báo cáo hoàn chỉnh báo cáo đánh giá công tác phòng, chống tham nhũng, kiến nghị sửa đổi những quy định của pháp luật về công tác PCTN.